Vestermarkskirken ledes af et menighedsråd, der vælges ved årsmødet. Årsmødet afholdes i årets første kvartal. Flere gange årligt holdes der menighedsmøder, hvor vigtige beslutninger tages. Menighedsrådet består af 7 valgte medlemmer og konstituerer sig selv med formand, kasserer og sekretær.